महाराष्ट्र एटीएसला मनुष्यबळाचा तीव्र तुटवडा भेडसावत आहे. महाराष्ट्र एटीएसच्या ७३२ जागां पैकी २८३ पद रिक्त आहेत. मुंबईवर अडीच वर्षापूर्वी झालेल्या दहशतवादी हल्ल्याच्या वेळेस पोलिस दलाने बजावलेल्या कामगिरीचा आढावा घेण्यासाठी नेमलेल्या समितीने दलाची पुर्नरचना करण्याची शिफारस केली होती. दहशतवादी कारवाया रोखणं आणि तपासासाठी एटीएसची २००४ साली स्थापना करण्यात आली होती. एटीएसच्या ७३२ कर्मचाऱ्यांच्या मंजूर क्षमते पैकी २८३ पदे रिक्त आहेत म्हणजेच एकूण मनुष्यबळाच्या आवश्यक्तेपेक्षा ३८.६६ टक्के पदे १ सप्टेंबर २०११ रोजी रिकामी आहेत असं एटीएसने एका वृत्त संस्थेला सांगितलं.
महाराष्ट्राला १९९३ सालापासून सहा दहशतवादी हल्ल्यांची झळ बसली तरी एटीएसकडे फक्त १० उप निरीक्षक आहेत तर मंजूर झालेली पद संख्या नव्वद इतकी आहे. एटीएसला ४९५ काँस्टेबल्सची आवश्यक्ता असताना फक्त ३५४ काँस्टेबल्सच सेवेत आहेत. काँस्टेबल्स गोपनीय माहिती गोळा करण्याची महत्वाची कामगिरी बजावतात त्यांची संख्य अपूरी असल्यास त्याचा थेट परिणाम एटीएसच्या कार्यक्षमतेवर होतो. एटीएसला चार पोलिस अधिक्षकांची पदे मंजूर आहेत त्यापैकी फक्त दोनच भरलेली आहेत, १० पोलिस आयुक्तांची गरज असताना सात पदे रिक्त आहेत तर ५० निरीक्षकांच्या जागी फक्त ३८ जणच सेवेत आहेत.
मुंबईवर २६ नोव्हेंबर २००८ रोजी झालेल्या दहशतवादी हल्ल्याच्या संदर्भात नेमलेल्या राम प्रधान समितीच्या अहवालात एटीएटची रचना आणि कार्यक्षेत्रं यात गोंधळाची परिस्थिती असल्याचं निरीक्षण नोंदवलं आहे. महाराष्ट्राचे पोलिस महासंचालक के सुब्रमण्यम यांनी लवकरच भरती प्रक्रियेला वेग देण्यात येईल आणि एटीएसला तसंच महत्वाच्या शाखांना प्राधान्यक्रम देण्यात येईल असं म्हटलं आहे. महाराष्ट्र लोकसेवा आयोगाच्या परिक्षेत झालेल्या गैरप्रकारांमुळेही भरती प्रक्रियेवर परिणाम झाला आहे.