கருப்பு மிளகு உடலுக்கு நன்மைபயக்கக்கூடிய பல ஆரோக்கிய நன்மைகளை கொண்டிருந்தாலும், அளவுக்கு மிஞ்சினால் அமிர்தமும் நஞ்சு என்பது போல இதனை அதிகமாக எடுத்துக்கொள்வது சில பக்க விளைவுகளை ஏற்படுத்தும்.
கருப்பு மிளகு உங்கள் சருமத்தில் நேரடியாக படும்போது, சிலருக்கு சருமத்தில் சிவப்பு அல்லது எரிச்சல் உணர்வு ஏற்படும். அதனால் அதனை சருமத்தில் படாதவாறு பார்த்துக்கொள்ளுங்கள்.
இரைப்பை சம்மந்தமான பிரச்சனைகள் இருந்தால் மிளகு சாப்பிடுவதை குறைக்க வேண்டும். கருப்பு மிளகை சாப்பிடும்போது அது வயிற்றில் அல்லது இரைப்பையில் கோளாறை ஏற்படுத்தும்.
அதிகமாக கருப்பு மிளகு சாப்பிடுவது அஜீரண கோளாறை ஏற்படுத்தும். நாசோபார்னிஜியல் அல்லது ஓஸோபாகல் போன்ற புற்றுநோய்க்கும், மிளகுக்கும் இடையே தொடர்பு இருப்பதாக கூறப்படுகிறது.
கருப்பு மிளகில் ஆன்டி ஆக்சிடண்டுகள், வலி நிவாரணி போன்றவை சில மருந்துகளில் பயன்படுத்தப்படுகிறது. எனவே இதனை கர்ப்பிணிகள் சாப்பிடுவது சில பாதிப்புகளை ஏற்படுத்தும் என்று கூறப்படுகிறது.
கருப்பு மிளகில் உள்ள பைனர்மைன் ஆண்களில் மலட்டுத்தன்மையை ஏற்படுத்தக்கூடும், இது விந்தணுக்களின் உற்பத்தியில் பாதிப்பை ஏற்படுத்தும் என்று ஆராய்ச்சியில் கண்டறியப்பட்டுள்ளது.